<div class="container">
<h1>Ограничение выбора checkbox</h1>
<input type='checkbox' name='mygroup1' id="ch1" value='1'>
<label for="ch1">Выбери 1</label>
<input type='checkbox' name='mygroup2' id="ch2" value='2'>
  <label for="ch2">Выбери 2</label>
<input type='checkbox' name='mygroup3' id="ch3" value='3'>
  <label for="ch3">Выбери 3</label><br/>
<input type='checkbox' name='mygroup4' id="ch4" value='4'>
  <label for="ch4">Выбери 4</label>
<input type='checkbox' name='mygroup5' id="ch5" value='5'>
  <label for="ch5">Выбери 5</label>
<input type='checkbox' name='mygroup6' id="ch6" value='6'>
  <label for="ch6">Выбери 6</label><br/>
  <small>Можно выбрать не более 3 флажков</small>
</div>
<script src="https://code.jquery.com/jquery-2.2.3.min.js"></script>
.container {
  width: 700px;
  margin: 0 auto;
}

body {
  font-family: Verdana, sans-serif;
  background: #95d4e0;
}
$('input[type=checkbox]').change(function(){
    if($('input[type=checkbox]:checked').length >= 3){
        $('input[type=checkbox]:not(:checked)').attr('disabled', "disabled");
    } else{
        $('input[type=checkbox]:disabled').removeAttr('disabled');
    }
});